Trong nhiều năm qua, Hải quan Đà Nẵng là một trong những đơn vị đứng đầu về cải cách hành chính, ứng dụng công nghệ thông tin trong nhóm các cơ quan Trung ương đóng trên địa bàn thành phố Đà Nẵng. Mục tiêu trong giai đoạn tiếp theo của Cục Hải quan Đà Nẵng là đẩy mạnh thực hiện thủ tục hành chính trên môi trường điện tử.