Ban Chỉ đạo về khoa học, công nghệ hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ, đề cao trách nhiệm cá nhân và phối hợp chặt chẽ giữa các thành viên, Tổ Công tác và Cơ quan thường trực. Các Tổ Công tác và Cơ quan thường trực có chức năng, nhiệm vụ cụ thể nhằm tham mưu, triển khai hiệu quả các chủ trương về khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, cải cách hành chính và chuyển đổi số trên phạm vi toàn quốc.